Quinze anos depois de abandonar a CIA para formar uma família, os ex-agentes de elite Matt e Emily voltam ao mundo da espionagem ao terem seus disfarces revelados.

Um meteoro mágico cai em Adventure City, dá superpoderes aos filhotes da Patrulha Canina e os transforma em Os Super Filhotes. Quando o arquirrival da Patrulha Canina, Humdinger, foge da prisão e se junta a um cientista maluco para roubar os poderes para si, Os Super Filhotes devem salvar Adventure City e deter os supervilões antes que seja tarde demais.