Após testemunhar um acidente traumático e bizarro envolvendo um paciente, a Dra. Rose Cotter começa a vivenciar eventos assustadores que ela não consegue explicar.

Um dispositivo inventado para eliminar o mal das mentes criminosas falha e Harvey Dent, o promotor da cidade de Gotham, transforma-se na sinistra e dupla personalidade do Duas-Caras.

Durante uma viagem a Hollywood, a turma decide visitar o lendário e histórico estúdio Brickton. Ao chegar lá, a Mistério S/A descobre que o estúdio está prestes a ser fechado e vendido para empresários que querem demoli-lo. Para piorar ainda mais a situação, o local está sendo assombrado pelo fantasma de Boris Karnak, um famoso ator de filmes antigos, que aterroriza o estúdio utilizando de personagens que marcaram sua carreira, como: a Múmia, o Zumbi e o Cavaleiro Sem-Cabeça. O fantasma espantou todo o elenco e equipe do filme que poderia salvar o estúdio, agora, resta a turma descobrir o que está realmente acontecendo e impedir que o estúdio seja fechado.

Brainiac quer adicionar a Terra em sua coleção de mundos. Entretanto, quando o vilão descobre o seu "firewall": a Liga da Justiça, ele desloca diversos heróis para outros períodos da história do planeta. Batman, Flash e Cyborg deve construir e usar a escada rolante Cosmic para correr ao longo do tempo e resgatar seus companheiros.

Com a Liga da Justiça recém formada, o crime não avança em Metropolis. Isso irrita muito a Lex Luthor, então ele com Black Manta, Sinestro e outros vilões, cria sua própria liga, a Legião do Mal, para atacar um site top-secret do governo, a Área 52. Superman, Batman, Wonder Woman e outros super herois vão enfrentar os maiores super-vilões.